Родился в городе Удзиямада (теперь Исэ) префектуры Миэ, долгое время работал с Хаяо Миядзаки, будучи сооснователем Studio Ghibli. Наиболее известны четыре его картины: военная драма «Могила светлячков», романтика «Ещё вчера», комедия «Мои соседи Ямада» и трагикомедия «Война тануки в периоды Хэйсэй и Помпоко». Окончив Токийский университет в 1959 году, Такахата начинает работать в только что созданной «Tōei Dōga animation company» (нынеToei Animation), где и знакомится с Миядзаки во время съёмок первой картины — «Принц Севера». Уволенные после финансового провала фильма Такахата и Миядзаки продолжают работать вместе. В отличие от большинства режиссёров, Такахата не работал штатным аниматором.
